進安宮供奉的媽祖主神來自十九世紀初一艘來自唐山帆船，當時為了躲避東北季風，停靠北方澳，船員將船艙中的媽祖請到陸上石洞祭拜；後來唐山帆船要離開，居民請求留下媽祖神像，船長不准，雙方僵持，後來擲茭杯，媽祖決定留下，這就是黑面媽祖的由來。
十九世紀中葉，進安宮香火鼎盛，空間不足，就地翻建，至道光年間得予擴建十五坪之新廟；一九六二年，再次自原廟址移上後面山坡地，即今北方澳中正軍港上的媽祖廟，經過先後四次修建廟宇，鎮座北方澳數百年。一九七五年，為國防部興建軍港需要，媽祖與全村居民一起遷移南方澳。
後經媽祖指示要在漁港邊重建，在眾多地方人士頻向國防部、交通部、台灣省政府等中央政府機關爭取，於一九八三年間獲省交通處同意撥二百坪土地供廟方辦理復建，並募集數千萬款項，於一九八四年元月十五日由縣長陳定南舉行破土典禮，四年後舉行安座及新廟落成慶典。
二○○六年間，台北洪姓珠寶商向廟方表示受一尊黑面媽祖託夢，要捐獻一株市價數千萬之深海寶石珊瑚，雕刻一尊全世界獨一無二「寶石珊瑚媽祖」，在三峽賴姓雕刻師歷經二年半時間精琢細磨，高四尺八吋，重達六百公斤的寶石珊瑚媽祖，終於二○○九年七月二十三日吉辰迎回安奉宮內，同年九月三十日大吉日恭迎 馬總統主持開光、安座大典，供民眾參拜。
進安宮供奉的黑面媽祖已有二百多年歷史，庇佑千千萬萬信徒，成就了很多可歌可頌的事蹟，若想要知道，歡迎來此一遊。