分子模型與視覺化軟體(一)
宜蘭縣羅東國中 賴思明老師
想在課堂上用電腦秀出DNA結構？或投影出甲烷、乙烯等有機分子嗎？利用現有的資料庫，與分子視覺軟體，就可以達成。本篇介紹DNA分子的取得與網頁上的呈現。
- 首先， DNA分子座標檔的取得，可自PDB網站取得，有不同狀態的DNA分子可使用，網址為：http://www.rcsb.org/pdb/101/motm.do?momID=23 ，裏面己經蒐集好不同型式的DNA模型，只要點選進入即可看到互動的3D模型，若提示jmolApplet，選擇執行即可。這裏我們選擇第一個B form的DNA模型：
- 網頁中已經可以看到DNA 分子了，可經由右鍵選單，調整呈現的狀態：
- Style選Cartoon，Color選By Chain，就可以呈現雙股螺旋的DNA模型了！
- 滑鼠操作：
(1)按滑鼠左鍵，並上下左右拖曳，可使分子上下左右旋轉。
(2)Shift+滑鼠左鍵，或用滾輪，可以放大縮小分子。
(3)Shift+滑鼠右鍵，可使分子在xy平面(沿z軸)旋轉。
(4)Ctrl+滑鼠右鍵，可水平移動分子。 - 在網頁上固然方便，但若能下載到電腦操作，會更方便，在網頁上選file，格式為PDB File，選download存在電腦上，檔名為1BNA.pdb。
- 已下載的檔案：1BNA.pdb 如何由電腦本身開啟呢？我們需要分子視覺化軟體來幫忙，例如網頁中所使用的Jmol，下回我們再介紹幾種好用的分子視覺化軟體。