(一)綜合高中與普通高中的課程，在高一時絕大部份相同，僅綜合高中有10%的職業試探科目;但到二年級時就有很大的差別，綜合高中學生有60%的選課自由，普通高中學生則沒有選課的自由。
(二)綜合高中的學生經過一年的輔導與探索可以選擇高中升大學的路，或高職升四技二專的路，或就業的路。然而普通高中的學生則沒有什麼選擇，只有升大學院校一條路。因此，若想升四技二專，則必須先有一年工作經驗方可報名，若想就業，又沒有專業能力可以謀職。
(三)綜合高中採學年學分制，修滿一六0學分即可畢業，修習科目若有不及格，僅重修該科即可。而高中目前多採留級制，常因為少數科目不及格，達到留級標準，就必須全部科目重唸一年。